Dans les années 70, John Maybury a travaillé autour de la scène punk en réalisant des films en super 8 et vidéo.
Au début des années 80, il devient l'un des chefs de file de l'avant-garde artistique londonienne.
En 1977, Derek Jarman lui offre sa première caméra et ensemble, ils entament une collaboration. John a conçu les costumes et les décors de Jubilee en 1977. En 1987, il travaille sur The Last of England en tant que monteur et en 1988, sur War Requiem (adaptation de l'œuvre de Benjamin Britten), il intervient comme décorateur et monteur.
Dans les années 80, il filme les chorégraphies du danseur Michael Clark, réalise des vidéos pour Psychic TV et travaille également avec Leigh Bowery. Il réalise des clips pour Neneh Cherry, Everything but the girl, Boy George, Morrissey, Sinead O'Connor. Il participe à la mise en scène visuelle de la tournée mondiale de U2.
Il fait partie du groupe Trojan Horse (pourquelques représentations) et travaille avec Leslee Winer sur son album Witch en 1990.
En 1992, Tilda Swinton lui propose d'adapter au cinéma la pièce de théâtre de Manfred Karge, Man to Man.
En 1993, il écrit et réalise Remembrante of things fast et Premonition.
En 1995, il poursuit sa collaboration avec Tilda Swinton pour deux installations vidéo My mind is racing à la Barbican Art Gallery et The Maybe à la Serpentine Gallery. La même année, il réalise également une vidéo pour le Glynabourn Opera, The Second Mrs Kong.
En 1996, ses deux films Genetron et Maledicta Electronica sont présentés à l'Institut d'Art Contemporain, à la Tate Gallery et à la Anthony d'Offay Gallery.
Il expose ses peintures à Londres, Tokyo, Rome et collabore à de nombreuses manifestations internationales