Réalisateur du documentaire Estamira (2006) qui lui a valu plus de 30 prix internationaux (Meilleur documentaire à Karlovy Vary 2005, Rio de Janeiro 2004, São Paulo 2004, Mention spéciale aux British Film Institute Awards 2005, Grand Prix et Prix GNCR au FID Marseille...).
Après des études d’économie, il débute une carrière de photographe. Il fait des études à la prestigieuse Brooks Institute of Photography en Californie et réalise plusieurs reportages photos qui lui ont valu de remporter nombre de prix et de concours, parmi lesquels le World Press Photo, UNEP (de l’ONU), et Hasselblad Master. Son travail peut être admiré dans les collections permanentes du MASP Museum et au Musée d’art moderne de São Paulo.
Marcos Prado et José Padilha, deux amis de faculté, se sont associés pour créer Zazen Produçöes et produire des films qui favorisent « le progrès social et le débat », selon les termes de Marcos Prado.
En 1998, avec Zazen, il a coproduit le documentaire The Charcoal People Of Brazil de Nigel Noble, plongée sociale et humaine dans le cœur brésilien, inspiré de son travail de reporter photo. En 2000, il en tire un livre. En 2005, sort un second ouvrage, Gramacho Garden, fruit de 11 ans de recherches à la décharge sanitaire de Rio. C’est là qu’il rencontre le personnage schizophrène qui est devenue la protagoniste de Estamira.
Prado a également produit et réalisé de nombreux documentaires avec José Padilha, pour les chaînes de télé Globosat et National Geographic tels que Brazil's Vanishing Cowboys (2003), Facing The Jaguar, ainsi que Os Pantaneiros. En 2002, il a produit le documentaire Bus 174 de José Padhila et Felipe Lacerda, tiré d’un fait-divers, sur la violence urbaine à Rio, auréolé de très nombreuses récompenses nationales et internationales.
Tropa de elite, le premier long-métrage de fiction de Padilha, produit par Prado, est un coup de maître au Brésil et fait le tour du monde. Plongée au sein d’un bataillon spécial de la police, chargé de combattre les trafics des favelas, le film obtient l’ours d’Or à Berlin en 2008. Les deux partenaires enchainent en 2010, un deuxième épisode de Tropa de elite culminant au box-office local et parmi les plus téléchargés de la planète.
Les Paradis Artificiels est le premier long-métrage de fiction de Marcos Prado.
