En 1970, alors qu’il n’a pas encore terminé ses études, il réalise deux courts métrages, « Les Anars » et « Bidonville », ainsi qu’un moyen métrage « Tête de turc ».
En 1971, il réalise comme film de fin d’études un moyen métrage mi-fiction mi-documentaire intitulé « Pois Pois ». Ce dernier a été diffusé par neuf télévisions étrangères et primé plusieurs fois (Sesterce d’argent, Prix de la Presse et Prix de la Télévision Suisse Romande au festival de Nyon en 1971, Coupe pour le meilleur documentaire social au 9ème festival de Knokke 1972).
En 1973, il réalise son premier long métrage, « La cage aux ours » qui est sélection officielle au festival de Cannes de 1974.
En 1977, il réalise un nouveau moyen métrage, « Les couleurs de la vie », qui est suivi en 1978 par « La Pologne » et en 1980 par « Et le vent souffle de la mer » et par « Miracle sur la Baltique ». Ce dernier a été programmé par onze télévisions étrangères et a reçu le Grand Prix de l’Information de la Communauté des Télévisions Francophones.
En 1983, Marian Handwerker réalise son second long métrage, « Le voyage d’hiver » qui a été sélectionné par le Festival de San Remo, aux Rencontres de Sorrente et au Festival de San Sébastian en 1984.
En 1985, il réalise son troisième long métrage « Européens si vous saviez », qui est suivi l’année suivante par le moyen métrage « Les pacifistes ».
En 1988, Marian Handwerker se lance dans une succession de moyen métrage avec « Une femme pressée », qui est suivi en 1989 par « Avant la bataille », « Les enfants du soleil » et « Les années noires et blanches ». En 1990, toujours sur sa lancé, il réalise « Dérapage », « Rêves de femmes » et « Gortz ».
En 1991, Marian Handwerker revient vers le long métrage en réalisant « Auchwitz : un voyage d’affaire », qui est suivi de cinq moyens métrages : « Castoriadis », « Le secret », « Résistance », « La promesse » et « Autrement ».
En 1992, il réalise le long métrage, « Marie » qui reçoit le Prix du Meilleur Film, le Prix de la Meilleure Interprétation féminine, le Prix de la Meilleure Interprétation masculine, le Prix spécial du Président de la République, le Prix des Exploitants de salles d’Italie au 23ème Giffoni Film Festival en 1993, ainsi que le Prix du Public aux Rencontres Cinématographiques de Cannes en 1993, le Grand Prix du Public au Festival du Jeune Cinéma Européen de Mamers toujours en 1993 et le Grand Prix et Prix d’Interprétation féminine au Festival de Paris de 1994.
En 1994, Marian Handwerker renoue avec les moyens métrages en réalisant « Unis et solidaires », qui est suivi en 1995 par « Urgences », « Les derniers témoins » et « Jean et Josette ». En 1996, il continue avec « Jusqu’où », « Dérapage » et « Le jeune ».
En 1998, il achève son dernier long métrage, « Pure Fiction », qui est basé sur les faits réels ayant touchés la Belgique durant l’année 1994.
Celui-ci est suivi l’année suivante d’un téléfilm « Le don d’un père ».
