Après l’obtention de ce diplôme, il travaille comme correspondant spécial pour le magasine Krokodil. En alternance avec son travail de journaliste, il écrit plusieurs scénarios puis passe à la mise en scène en 1984 avec Sladkij sok vnutri travy (Le Jus de l'herbe a un goût de miel), inédit en France. Projeté au Festival de La Rochelle, le cinéaste le présentait ansi : " C'est l'histoire d'amour d'une jeune fille de 14 ans. Lorsque le film fut terminé, j'eus un problème avec la censure, parce que je montrais des scènes tournées dans un hôpital militaire, où l'on voyait des soldats blessés pendant la guerre d'Afganistan - la "guerre inconnue" - pour les soviétiques. Mon nom fut retiré du générique.."
Bodrov enchaîne ensuite avec plusieurs films tournés en Russie dont Les Amateurs (Amateurs) (1985) mais les cinéphiles français ne le découvrent qu'avec La Liberté, c'est le paradis (1989), puis Bely korol, krasnaya koroleva (Roi blanc, dame rouge) (1992) avec André Dussollier, qui reçoit un accueil beaucoup plus réservé
En 1996, Le Prisonnier du Caucase (Kavkazskij plennik) triomphe, nommé aux Oscar et aux Golden Globe dans la catégorie meilleur film étranger, recevant également, le prix du meilleur film au festival de San Diego.
Cette reconnaissance lui ouvre les portes des studios hollywoodiens pour qui il signe un film d'aventures grand public Crinière au vent, une âme indomptable (Running Free, 1999).
Parallèllement à son travail de réalisateur, il continue de signer des scénarios dans son pays et à l’étranger comme ceux de Somebody to love (1994) de Alexandre Rockwell ou encore Est-Ouest (1999) de Régis Wargnier, dans lequel joue son propre fils Sergueï Bodrov Jr, depuis disparu.
Aux Etats-Unis, il signe un surprenant film noir The Quickie (2000) puis tourne Nomad (2004, une épopée dans le Kazakhstan du 18ème siècle, où sont crédités deux autres réalisateurs dont Ivan Passer. Curieuse aventure : avec son énorme budget de 40 millions de dollars, ce dernier film est né de la volonté du Président kazakh, Noursoultan Nazarbaïev, de créer un antidote cinématographique à Borat, la comédie de Larry Charles qui lui semblait insulter son pays. Le résultat est à la fois spectaculaire et sans âme. Mais c'est sans doute cette réalisation qui permet au cinéaste de poursuivre dans la même veine, en 2007, avec Mongol, retraçant le destin de Gengis Khan.
