Accusé de meurtre, Le Caravage a fui Rome et s’est réfugié à Naples. Le Pape décide alors de faire mener par un inquisiteur, l’Ombre, une enquête sur le peintre dont l’art est jugé subversif et contraire à la morale de l’Église.
En Italie, à la fin du XVIe siècle, Menocchio est un meunier analphabète qui dénonce la richesse de l'Église. Rome dépêche alors deux émissaires chargés de faire la lumière sur l'influence de cet homme au cœur de son village oublié dans le Frioul. Menocchio est enfermé dans un cachot où il est torturé...
Forcé de quitter l'URSS dès 1929, Leon Trotsky se réfugie au Mexique en 1940, dans une forteresse surveillée. Staline envoie alors un assassin, Franck Jackson, chargé d'éliminer son rival. Jackson se lie avec une jeune communiste, Gita, dans le but d''approcher sa cible.
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