Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines, et se situe chronologiquement entre Matrix et The Matrix reloaded.
Au Japon, dans un futur proche, le vieillissement de la population s’accélère. Le gouvernement met en place le programme « Plan 75 », qui propose aux seniors un accompagnement logistique et financier pour mettre fin à leurs jours.
L’humanité a réussi à atteindre une quasi-immortalité. Mais à force de manipulations génétiques, elle a perdu la faculté de procréer, et décline inexorablement.
Après sa journée de travail, Kato, gérant d'un café, rentre chez lui. Alors qu'il veut se détendre, son écran d'ordinateur s'allume soudainement et il aperçoit son image qui l'interpelle deux minutes depuis le futur...
Dans un avenir proche, le Japon est victime d’attaques terroristes sur ses centrales nucléaires. Irradié, le pays est peu à peu évacué vers les États voisins. Tania, atteinte d’une longue maladie et originaire d’Afrique du Sud, attend son ordre d’évacuation dans une petite maison perdue dans les montagnes. Elle est veillée par Leona, son androïde de première génération que lui a offert son père.
Shin et Kotori sont deux lycéens ordinaires qui vivent à Tokyo. Un jour, Shin rencontre son parfait sosie. Le garçon s'appelle Jin et prétend venir d’un monde parallèle sur lequel règne une princesse malfaisante. Pour sauver les siens, il doit vite trouver le double de la persécutrice. La vie des lycéens bascule quand Shin découvre que la sombre princesse ressemble à son amie…
Koro est un être tout-puissant et mystérieux. Il devient enseignant de la classe 3-E de l’école secondaire de Kunugigaoka après avoir détruit la Lune et promis de faire exploser la Terre au mois de mars. Afin d’empêcher ce désastre, les élèves de troisième année deviennent des assassins. Unis par ce lien étrange, ils ont un an, jusqu’à l’obtention de leur diplôme, pour compléter leur mission.
Etsuko est inquiète. Son mari, ses collègues, ses amis semblent différents, comme si ils avaient perdus toute émotion. Pour sauver les gens qu'elle aime, Etsuko va devoir faire face à un envahisseur, volant les émotions des humains.
Alors que Narumi et son mari Shinji traversent une mauvaise passe, Shinji disparaît soudainement et revient quelques jours plus tard, complètement transformé. Il semble être devenu un homme différent, tendre et attentionné. Au même moment, une famille est brutalement assassinée et de curieux phénomènes se produisent en ville...
Dix ans après son dernier combat contre le Dr. Hell qui a permis de retrouver la paix sur Terre, Kôji Kabuto est devenu un brillant scientifique, mais son pire ennemi revient d'entre les morts. Il va devoir reprendre du service, aux commandes de son fidèle robot surpuissant, Mazinger Z. Une adaptation du manga "mécha" phare de Gō Nagai, créateur du célèbre Goldorak.
Le petit Toby mène une existence sans histoires, jusqu'au jour où il se découvre des super-pouvoirs. Doté d'une force surhumaine, capable de voler dans les airs, le jeune garçon découvre qu'il n'est pas un humain, mais un robot créé par le Docteur Tenma. Effondré, Toby s'enfuit, avant de comprendre que les humains ont besoin de lui...
Atsumi, talentueuse dessinatrice de mangas, se retrouve plongée dans le coma après une tentative de suicide. Son petit-ami Koichi ne comprend pas cet acte. Afin de la ramener dans le réel, il rejoint un programme novateur permettant de pénétrer dans l'inconscient de sa compagne. Mais le système l'envoie-t-il vraiment où il croit ?
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