À Tokyo, le jeune Ren fugue dans les rues de Shibuya. Son chemin croise celui de Kumatetsu, une bête issue du royaume des monstres, et qui prétend au titre de grand seigneur de son monde. Ce dernier choisit le jeune garçon comme apprenti.
À travers l’histoire d’un naufragé sur une île déserte tropicale peuplée de tortues, de crabes et d’oiseaux, La Tortue rouge raconte les grandes étapes de la vie d’un être humain. .
Les dorayakis sont des pâtisseries traditionnelles japonaises fourrées d'une pâte de haricots rouges confits que l'on prénomme "an". Tokue, 70 ans, va tenter de convaincre Sentaro, le vendeur de dorayakis, de l’embaucher. La vieille femme a le secret d’une pâte exquise et la petite échoppe devient vite un endroit incontournable...
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