Anna, douze ans, souffre d'asthme. Elle est envoyée pour l'été à la campagne. En explorant les environs, elle découvre une maison abandonnée au milieu d'un marais, et dans cette maison, Marnie, une étrange jeune fille...
Pendant l'été 1965, sur une île de Nouvelle-Angleterre, un jeune garçon, Sam, et une jeune fille, Suzy, fuguent pour vivre leur histoire d'amour à l'écart du monde. Trouvant leur disparition inquiétante, les adultes de l'île se mobilisent et partent à la recherche des deux adolescents. Seulement, au même moment, une violente tempête menace le littoral de l'île...
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