Hushpuppy, 6 ans, vit dans le bayou avec son père. Brusquement, la nature s'emballe, la température monte, les glaciers fondent, libérant une armée d'aurochs. La montée des eaux, l'irruption des aurochs et la santé de son père qui décline, décident Hushpuppy à partir à la recherche de sa mère disparue.
Téhéran, 1978. Marjane, 8 ans, suit avec exaltation les évènements qui vont mener à la révolution et provoquer la chute du régime du Chah. Avec l’instauration de la République islamique, elle doit porter le voile et se rêve désormais en révolutionnaire.
A Lyon, dans le quartier Saint-Paul, un paisible horloger apprend, stupéfait, que la police recherche son fils accusé du meurtre d'un vigile. C'est l'occasion pour lui d'interroger sa vie, de chercher à comprendre cet enfant dont il s'est si peu occupé et qu'il connait si mal.
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