Au début des années 1980, la guerre entre les parrains de la mafia sicilienne est à son comble. Tommaso Buscetta, membre de Cosa Nostra, fuit son pays pour se cacher au Brésil. Pendant ce temps, en Italie, les règlements de comptes s'enchaînent. Extradé, Buscetta prend une décision qui va changer l'histoire de la mafia : rencontrer le juge Falcone et trahir le serment fait à Cosa Nostra.
En Italie, à la fin du XVIe siècle, Menocchio est un meunier analphabète qui dénonce la richesse de l'Église. Rome dépêche alors deux émissaires chargés de faire la lumière sur l'influence de cet homme au cœur de son village oublié dans le Frioul. Menocchio est enfermé dans un cachot où il est torturé...
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