Le village d'Ashitaka est attaqué par un sanglier rendu fou par la colère et la douleur. Touché par le sanglier qu'il a tué, Ashitaka est forcé de partir à la recherche du dieu Cerf pour lever la malédiction qui lui gangrène le bras.
Sheeta, jeune adolescente poursuivie par des militaires qui convoitent la pierre magique qu'elle possède, rencontre Pazu, un jeune mécanicien rêvant de devenir pilote. Ensemble, ils décident de se lancer à la recherche d'une légendaire cité volante.
Sur une Terre ravagée par la folie des hommes durant les sept jours de feu, une poignée d'humains survit tant bien que mal. Les survivants attendent le salut de la princesse Nausicaä, capable de communiquer avec tous les êtres vivants.
Au cœur des Montagnes Rocheuses, Norman vit avec Nebraska, une indienne Nahanni, et ses chiens de traîneaux. Déconnectés des besoins de la société moderne, ils se nourrissent des produits de la chasse et de la pêche. Norman fabrique ses raquettes, son traîneau, son canoë avec le bois et l'écorce prélevés en forêt. Une fois par an, Norman effectue un voyage jusqu'en ville pour vendre ses peaux.
La sève du monde-arbre Axis s'épuise. Prise de visions, Kaena est persuadée qu'Axis l'appelle à son secours. Jeune fille rebelle, elle brave les tabous de sa tribu et l'autorité du grand prêtre et se lance dans un périlleux voyage jusqu'aux racines d'Axis, aidée par une créature venue d'un autre monde. L'effrayante vérité que Kaena découvrira la laissera profondément changée.
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