Le petit Sosuke, cinq ans, habite un village construit au sommet d'une falaise qui surplombe la Mer Intérieure. Un beau matin, alors qu'il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson rouge nommée Ponyo, piégée dans un pot de confiture. Sosuke la sauve, et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sosuke que ce dernier l'est par elle...
Des grenouilles se réunissent pour prévoir une grande catastrophe. Il va pleuvoir pendant quarante jours et quarante nuits. Elles alertent Ferdinand, sa compagne Juliette, et leur fils Tom, qui réunissent les animaux du pays. Le déluge arrive, la maison de la famille résiste miraculeusement. Les voilà errants sur l'océan.
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