Un car emmène un groupe de huit adolescents à Paris pour aller voir "Le radeau de la Méduse" au Louvre. Il tombe en panne au bord de la mer...
Le petit Sosuke, cinq ans, habite un village construit au sommet d'une falaise qui surplombe la Mer Intérieure. Un beau matin, alors qu'il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson rouge nommée Ponyo, piégée dans un pot de confiture. Sosuke la sauve, et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sosuke que ce dernier l'est par elle...
Propriétaire d'un bateau, Simon est aussi séducteur que criminel. Il propose à ses compatriotes cubains de les emmener aux Etats-Unis mais les abandonne au milieu de la mer. Un jour qu'il est poursuivi par la police américaine, un de ses matelots lui sauve pourtant la vie. Leur relation devient si forte que Simon n'accepte pas que ce dernier tombe amoureux d'une femme et cherche à quitter l'île.
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