Joaquin, un homme à la vie simple, est injustement emprisonné pour le meurtre d'une créancière alors que le véritable assassin, Fabian, un étudiant en droit issu d'une famille aisée, se déplace en toute liberté...
Dans un futur proche... Toute personne célibataire est arrêtée, transférée à l’Hôtel et a 45 jours pour trouver l’âme sœur. Passé ce délai, elle sera transformée en l'animal de son choix. Pour échapper à ce destin, un homme s'enfuit et rejoint dans les bois un groupe de résistants ; les Solitaires.
Sur l’île d’Amami, les habitants vivent en harmonie avec la nature, ils pensent qu’un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante. Un soir d'été, Kaito découvre le corps d’un homme flottant dans la mer, sa jeune amie Kyoko va l’aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adultes et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l’amour...
Les apparitions magiques de sa femme défunte et de son fils disparu depuis des années confirment à Oncle Boonmee que sa fin est proche. Dans son domaine apicole, entouré des siens, il se souvient alors de ses vies antérieures...
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