Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines, et se situe chronologiquement entre Matrix et The Matrix reloaded.
Catwoman tente de dérober un bijou d'une valeur inestimable. Le vol la place dans la ligne de mire d'un puissant consortium de méchants et de l'inépuisable Interpol, ainsi que de Batwoman.
Le tueur connu sous le nom de Holiday continue de traquer la famille Falcone tandis qu’une nouvelle classe de criminels costumés apparaît à Gotham City. Batman soupçonne qu’un ancien allié pourrait être le tueur en série.
Sombre période à Gotham City. La ville est en proie aux crimes et à la corruption, mais également à un mystérieux tueur, Holiday. Batman, accompagné du capitaine Gordon et de Harvey Dent, mène l'enquête.
Dans cette nouvelle aventure, Batman retrouve trois anciens membres de l'école d'arts martiaux de son enfance : Richard Dragon, Bronze Tiger et Lady Shiva. Ensemble, ils doivent sauver leur ancien maître, et empêcher la résurrection du dieu serpent Naga.
Après avoir été relevé de ses fonctions par Batman, Jason Todd décide de partir à la recherche de sa mère biologique. Toutefois, durant sa quête, ce dernier tombe entre les mains du Joker, qui lui réserve un terrible sort...
Dans un futur dévasté par la guerre homme-machine, un scientifique crée 9 petites créatures pour survivre. Numéro 9, le dernier né, détient la clé de leur salut. Il doit convaincre les autres d'affronter le royaume des machines, leur ultime espoir.
Shaun le mouton voit un vaisseau spatial s'écraser dans son pré. À son bord, une extraterrestre. Quand une organisation gouvernementale la repère et veut la capturer, Shaun et le troupeau décident de la protéger...
Le petit Toby mène une existence sans histoires, jusqu'au jour où il se découvre des super-pouvoirs. Doté d'une force surhumaine, capable de voler dans les airs, le jeune garçon découvre qu'il n'est pas un humain, mais un robot créé par le Docteur Tenma. Effondré, Toby s'enfuit, avant de comprendre que les humains ont besoin de lui...
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