Son court-métrage Rooms a été récompensé par le National Film Board of Peru (Conacine) en 1997 et a été déclaré "meilleur film de la décennie fait par un réalisateur péruvien" par le magazine de cinéma La Grand Ilusión.
Par la suite, le Théâtre National du Pérou a distingué sa pièce Mr. Clouds comme la meilleure pièce du nouveau millénaire et elle fut publiée par l'Institut National de la Culture dans un recueil intitulée Dramaturgia 2000.
En 1998, Javier Fuentes-León débute sa carrière à la télévision américaine, d'abord comme scénariste d'émission de divertissement pour Telemundo, puis comme traducteur pour des majors d'Hollywood, tout en étant parallèlement monteur sur des publicités.
Durant toutes ces années, il a également travaillé sur ses projets personnels. Il a écrit et réalisé le court-métrage Gemini, diffusé dans de nombreux festivals américains, et a signé les scénarios de deux longs-métrages : The Woman Who Feard The Sun (une adaptation de sa pièce Mr. Clouds) et Contracorriente.
Il se définit lui-même comme un passionné de cinéma, de musique et de politique. Son film Contracorriente a été pour lui l’occasion d’exprimer sa vision personnelle de la virilité - qui ne se résume pas seulement à la force physique, mais où l’honneur et la sensibilité tiennent une place particulièrement importante : "Mes histoires se servent de la magie du réalisme pour cerner la recherche de l’identité sexuelle".