Le petit Sosuke, cinq ans, habite un village construit au sommet d'une falaise qui surplombe la Mer Intérieure. Un beau matin, alors qu'il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson rouge nommée Ponyo, piégée dans un pot de confiture. Sosuke la sauve, et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sosuke que ce dernier l'est par elle...
Au printemps 1962, l'indépendance de l'Algérie est proche. Dans les derniers moments de la guerre, tout s'accélère et les amitiés comme les injustices sont remises en question par la marche de l'histoire, parfois pour donner lieu à d'autres injustices. Ali est un jeune garçon à cette époque et il assiste aux dernières heures des "événements" sans rien rater.
New York. Une fillette de six ans disparaît. Six mois plus tard elle n'a toujours pas été retrouvée. Son père, William Keane, tente d'accepter sa disparition. Keane se lie d'amitié avec une mère célibataire et sa petite fille. Leur cachant sa propre histoire, il tentera de prendre un nouveau départ avec elles.
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