De multiples attaques sont menées à l'encontre de plusieurs îles d'East Blue. Décidés à découvrir l'instigateur de celles-ci, l'équipage du Chapeau de paille font cap vers la zone maritime...
Le petit Sosuke, cinq ans, habite un village construit au sommet d'une falaise qui surplombe la Mer Intérieure. Un beau matin, alors qu'il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson rouge nommée Ponyo, piégée dans un pot de confiture. Sosuke la sauve, et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sosuke que ce dernier l'est par elle...
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