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La Fédération, l'Empire Klingon et l'Empire Romulien essaient de cohabiter sur la planète Nimbus III. Mais un Vulcain attaque la capitale et réclame un vaisseau pour aller sur la planète qu'il pense être le Paradis. A bord de l'Enterprise, Kirk et son équipage sont envoyés pour régler la situation...
Un mystérieux cylindre se dirige à grande vitesse vers la Terre. L'engin, encore à distance, envoie une sonde qui vient se positionner en orbite autour de la planète bleue. Spock comprend que le cylindre tente d'entrer en contact avec des baleines à bosse, une espèce disparue au XXIIIe siècle...
Au XXIIIe siècle, une entité extraterrestre se dirige vers la Terre en pulvérisant tout sur son passage. L'équipage de l'Enterprise est chargé de stopper cet ennemi. Alors que le capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé par le fameux capitaine Kirk...
L'Enterprise rejoint la Terre, sauvé par le sacrifice de Spock. C'est alors que Sarek, son père, révèle à Kirk que les Vulcaniens sont capables de se dédoubler et que son fils avait légué sa force mentale au docteur McCoy. Il est donc possible de réunir le corps et l'esprit de Spock afin de le ressusciter...
Le célèbre Enterprise sert désormais de vaisseau d'entraînement pour les élèves pilotes. Les cours y sont dispensés par le capitaine Spock, l'un des chefs militaires de la Fédération des planètes unies. Envoyé en mission de routine avec Kirk, il croise la route de son vieil ennemi, Khan...
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