Il fait la rencontre d’Humbert Balsan qui produira presque tous ses films dont son premier long métrage, L’Amour, qui remporte le Prix Perspective du cinéma français lors du Festival de Cannes en 1990.
L’année suivante, il tourne pour la télévision Sabine, d’après un récit d’Agnès L’Herbier, qui remporte un grand succès critique et qui permettra au film de sortir en salles. Ce film confirme son aisance à filmer la jeunesse et l’adolescence avec une grande justesse, en évitant toute sentimentalité. Il révèle une jeune comédienne, Catherine Klein, qui écrit avec lui et interprète le rôle titre du film suivant : Muriel fait le désespoir de ses parents. « Ce qui m’intéresse, ce sont les enjeux de lutte. L’adolescence, c’est l’âge où l’on éprouve le besoin de s’affirmer et d’entrer dans la vie et où se posent pour la première fois ces enjeux. J’aime filmer des gens en situation soit de se battre, soit de s’affirmer. » (Philippe Faucon)
Les critiques soulignent son talent à « attraper le réel » : « Philippe Faucon est un cinéaste beaucoup trop discret pour qu’on omette de souligner, d’entrée de jeu, qu’il fait partie de ces rares artistes doués d’une grande justesse de regard, capables de restituer la complexité d’un univers à partir des éléments les plus simples. » (Jacques Mandelbaum, Le Monde) Le critique Louis Skorecki salue quant à lui « la naissance d’un jeune cinéaste qui semble avoir tiré les meilleures leçons du cinéma de Robert Bresson et d’Eric Rohmer, qu’il adapte sur un mode léger et contemporain. Ses films racontent des histoires presque documentaires avec une vivacité de ton remarquable. » Au regard de son œuvre, on est frappé de constater que Philippe Faucon trouve immédiatement son style, offrant une mise en scène épurée, rythmée par un montage incisif. Il opte pour la sobriété, débarrassant ses films de toute psychologie. « On sait bien, depuis Bresson, combien la caméra peut révéler ce qui advient sur les visages, à l’insu de tous, acteurs comme réalisateur. Je guette cela. Ensuite, au montage, je peux souvent supprimer les phrases de dialogues : les yeux, la peau ont dit ce qu’il y avait à dire. » (Philippe Faucon)
Cinéaste « contemporain », il convoque dans son cinéma sans pathos ni charge pamphlétaire les maux de nos sociétés modernes, que ce soit le SIDA ou la guerre. Il tourne ainsi en 1996 Mes 17 ans, qui dessine le portrait de Barbara, jeune fille qui découvre sa séropositivité. Le film est sélectionné au Festival de Locarno. Trois ans plus tard, il signe Les Étrangers, coproduit et diffusé par Arte, qui s’inscrit dans la réalité de la guerre en ex-Yougoslavie et évoque le désarroi de jeunes militaires volontaires. Il réalise en 1999 le très beau Samia, sélectionné à la Semaine de la Critique du Festival de Venise en 2000. Le film est adapté du roman de Soraya Nini Ils disent que je suis une beurette. Une fois de plus, Philippe Faucon fait le choix de faire appel à des acteurs amateurs : « J’aime bien tourner avec des non-comédiens, sans que ce soit un parti pris rigide puisqu’au départ, je fais toujours des recherches dans toutes les directions. Lorsque des gens qui n’ont pas été formés à jouer sont mis en situation de le faire, ils font forcément appel à ce qu’ils ont d’individuel, d’authentique, plutôt qu’à de la technique ou du métier. Ça ne veut pas dire que ce soit à la portée de n’importe qui. Ou qu’il n’y ait pas un travail à faire avec eux, et seulement à compter sur leur « naturel ». Jouer, c’est toujours une situation d’engagement, de prise de risque, que l’on soit un comédien de métier ou pas. » (Philippe Faucon)
Après avoir tourné en 2002 Grégoire peut mieux faire avec des élèves d’un lycée de La Ciotat près de Marseille, Philippe Faucon signe trois ans plus tard son premier film d’époque : La Trahison. Adapté du livre de Claude Sales, ancien sous-lieutenant français, le film est une œuvre magnifique sur la guerre d’Algérie, que Philippe Faucon a côtoyé de près lorsqu’il était jeune enfant : « Bien que très petit, j’ai l’impression d’avoir le souvenir de la tension, de la peur qui régnaient. J’ai même le sentiment d’avoir gardé l’image imprécise de mes parents s’enfermant chez eux, et barricadant les fenêtres. Souvenir réel ou recréé, est-ce que j’ai vu cette scène dans un film, je ne sais pas. Ce qui est sûr, c’est que, lorsque j’ai un peu grandi, on sentait toujours le silence, les douleurs, liés à cette époque. Donc, lorsque j’ai lu le récit de Claude Sales, quelque chose m’a rattrapé. » (Philippe Faucon).
En 2008, Dans la vie est une comédie sensible où deux femmes, l'une juive et l'autre arabe, apprennent à vivre ensemble et parviennent à s'émanciper des préjugés qui les entourent.
